Diplomatická akademie (DA) jako instituce zajišťující především přípravu nových pracovníků Ministerstva zahraničních věcí (MZV) byla založena v roce 1997. V průběhu následujících pětadvaceti let jí prošly téměř tři stovky mladých diplomatů, kteří dnes pracují na různých místech české zahraniční služby včetně těch nejzodpovědnějších. Samotná akademie se vyvíjela v závislosti na měnících se prioritách a potřebách.

Vzniku DA předcházela analýza vzdělávacích potřeb českých diplomatů a komparativní studium zahraničních systémů diplomatického vzdělávání. Z nich vzešel návrh systému vzdělávání, připravený ve spolupráci s Nizozemským ústavem mezinárodních vztahů Clingendael a vídeňskou  Diplomatickou akademií, a s podporou Evropské komise a ve spolupráci s Finským institutem pro státní správu zahájila DA v letech 1997-1998 svou činnost. Organizačně až do roku 2006 spadala do Ústavu mezinárodních vztahů.

V roce 2006 vedení MZV rozhodlo začlenit DA přímo do struktury ministerstva. DA pak prošla personální a koncepční reorganizací a od následujícího roku působila uvnitř MZV jako jeden z jeho odborů. Vedle školení nových pracovníků v programu základní diplomatické přípravy zajišťovala vzdělávání ostatních diplomatických i administrativně technických pracovníků MZV, studijní stáže pro české diplomaty a jazykové a počítačové kurzy pro všechny zaměstnance MZV. Zejména v posledních letech nabyla na významu a rozsahu příprava českých občanů na výběrová řízení do institucí Evropské unie.

V souvislosti s přijetím zákona o státní službě v roce 2014 a zákona o zahraniční službě roku 2017 se působnost DA rozšířila na zajišťování úřednické zkoušky v oboru Zahraniční vztahy a služba a zkoušky zakončující všeobecnou diplomatickou přípravu.

V zájmu dalšího zlepšování kvality vzdělávání pracovníků ministerstva i přípravy českých občanů na práci v EU a mezinárodních organizacích a s výhledem rozšíření aktivit o školení zaměstnanců dalších institucí, pořádání konferencí a konání jiných osvětových a propagačních akci rozhodl ministr zahraničních věcí o zřízení Diplomatické akademie MZV jako samostatné příspěvkové organizace. Ta začala fakticky fungovat od jmenování její ředitelky, Mgr. Ing. Dany Kovaříkové, M.A., k 1. únoru 2024.